Afryka Północna
W czasie neolitu klimat na północy Afryki był zdecydowanie inny niż dzisiaj. Sahara nie była pustynią, a tylko półpustynią z dużą ilością wielkich jezior (np. Jezioro Czad było aż 40-krotnie większe niż dziś). Początkowo żyły tam ludy łowiecko-zbierackie, polujące na liczną zwierzynę i łowiąc ryby za pomocą kościanych harpunów. Ludy te potrafiły wyrabiać ceramikę falistą już od ok. 7500 r.p.n.e. Już wtedy na Saharze zdarzały się susze, które ograniczały dostęp do zwierzyny i dzikich roślin. Dlatego więc ok. 6500 r.p.n.e. na wschodniej Saharze zaczęto uprawiać sprowadzone z Bliskiego Wschodu: jęczmień, pszenicę oraz hodować kozy, owce i miejscową odmianę bydła. Niedługo potem rolnictwo zaczęto uprawiać też w dolinie Nilu. Żyzna gleba i stały dostęp do wody (poprzez coroczne wylewy), uczyniły z terenów nad Nilem najgęściej zaludnionym i najbogatszym obszarem w Afryce. Na ok. 4000 r.p.n.e. datuje się tam początek wykorzystywanie łodzi żaglowych i obróbki miedzi.
Do 3000 r.p.n.e. z terenów dzisiejszego Egiptu rozpowszechniła się uprawa pszenicy i jęczmienia oraz hodowla bydła na resztę afrykańskiego wybrzeża Morza Śródziemnego. Na zachodniej i środkowej Saharze zaczęto od ok. 6000 r.p.n.e. uprawiać miejscowe gatunki zbóż:
- rosplenica perłowa (Pennisetum glaucum), zwana też prosem perłowym
- sorgo (Sorghum sp.)
- ryż afrykański (Oryza glaberrima)
Afryka Środkowa
Najwcześniejszym ośrodkiem rolniczym była Wyżyna Abisyńska. zaczęto tam uprawiać lokalne rośliny ok. 5000 r.p.n.e.:
- miłka abisyńska (Eragrostis abyssinica), zwana też teffem, lub trawą abisyńską
- manneczka łękowata (Eleusine coracana)
- olejarka abisyńska (Guizotia abissynica), zwane prosem murzyńskim.
Na zachodzie Afryki rolnictwo pojawiło się ok.2750 r.p.n.e. Już wtedy rosły tam lasy deszczowe. konieczne było więc ich karczowanie i wypalanie. Uprawiano tam lokalne gatunki roślin:
- pochrzyn (Dioscorea sp.), znany też jako jams i ignam
- olejowiec gwinejski (Elaeis guineenensis), zwany też palmą oleistą
- fasolnik chiński (Vigna sinensis), jak widać nazwa myląca
- arbuz zwyczajny (Citrullus lanatum)